Instytut Antropologii i Archeologii wywodzi się z Katedry Archeologii utworzonej w 1994 r. przy Wydziale Historycznym Wyższej Szkoły Humanistycznej.
    W 1997 r. Katedra Archeologii została przekształcona w Międzywydziałową Katedrę Antropologii i Archeologii o tym samym profilu dydaktycznym, który pozostawał nadal w bezpośredniej więzi z programem kierunku „historia”.
    W 1999 r. Katedra została przekształcona w Międzywydziałowy Instytut Antropologii i Archeologii, rozszerzając swoją propozycję dydaktyczną oraz przystępując do badań archeologicznych na dużą skalę, tak w kraju jak i zagranicą. Program badań archeologicznych umożliwiał udział w nich własnych studentów, stając się praktycznym uzupełnieniem zajęć teoretycznych i przygotowaniem do przyszłej pracy zawodowej.      W związku z rozszerzaniem się zakresu badań archeologicznych oraz przygotowywaniem do publikacji wyników prac wykopaliskowych, w 2004 r. w obrębie Instytutu został powołany Zakład Badań Archeologicznych.
    Poszerzenie oferty dydaktycznej nastąpiło w 2006 r., kiedy to Wydział Historyczny otrzymał uprawienia do prowadzenia kierunku studiów w zakresie „archeologia” i mógł przystąpić do rekrutacji na nowych zasadach, zgodnych z obowiązującymi na innych polskich uniwersytetach.
    Istotną sprawą od momentu powstania Katedry a później Instytutu stało się traktowanie dydaktyki w duchu antropologii kulturowej, oznaczało to przyswajanie doświadczeń amerykańskich w wykorzystywaniu światowego dorobku etnologii i etnografii dla uzyskania głębszej interpretacji znalezisk archeologicznych. Dlatego też w katalogu oferowanych zajęć znalazła się antropologia kulturowa oraz fizyczna, wykłady ze sztuki pradziejowej – jako jedyne w kraju – ale także archeologia basenu Morza Śródziemnego ze szczególnym naciskiem na egiptologię. Nasz Instytut stał się jednym z nielicznych miejsc w Polsce, gdzie można nauczyć się odczytywania hieroglifów egipskich.
    Dominujący nurt dydaktyki skierowany jest – podobnie jak w innych uczelniach typu uniwersyteckiego – na nauczanie pradziejów i wczesnego średniowiecza Polski, na tle europejskim. Wykładem unikatowym jest archeologia Skandynawii, prowadzona przez wybitnego znawcę Wikingów.